AG RIP Markers (used by Mapmaker)
Mapmaker Marker Number 
Marker Name 
Marker type 
Assigned Linkage Group 
Framework (MQTL) Marker Number 
Anchor Markers: CY Framework Number 
1 
F3 
SCAR 
B11 
6 
2 
2 
fin 
phenotypic 
B1 
1 
1 
3 
I 
phenotypic 
B2 
7 

4 
D1619  Eco RI 
RFLP 
B2 
13 
4 
5 
D1096  Eco RI 
RFLP 
B3 
15 

6 
Skdh 
Isozyme 
B3 


7 
Bng224  Eco RV 
RFLP 
B4 
21 

8 
Me 
Isozyme 
B4 

6 
9 
Rbcs 
Isozyme 
B4 
25 
7 
10 
Bng162  Eco RV 
RFLP 
B5 
32 
9 
11 
D0096  Eco RV 
RFLP 
B6 

11 
12 
Phs 
seed protein 
B7 
42 
12 
13 
J 
phenotypic 
B7 
40 

14 
D1107  Hae III 
RFLP 
B7 
53 
13 
15 
D1505  Eco RI 
RFLP 
B8 

14 
16 
Bng73  Eco RV 
RFLP 
B8 

15 
17 
Bng102  Hind III 
RFLP 
B9 

16 
18 
D1831  Hind III 
RFLP 
B9 

17 
19 
J1d 
SCAR 
B10 
67 
19 
20 
ROI16/860 
RAPD 
B10 


21 
ROI16/580 
RAPD 
B3 
17 

22 
ROW06/1100 
RAPD 
B8 
54 

23 
CMt 
phenotypic 
B8 


24 
A12/P12 A 
AFLP 
B9 


25 
A12/P12 B 
AFLP 
B7 


26 
A12/P12 C 
AFLP 
B4 


27 
A12/P12 D 
AFLP 
B6 


28 
A12/P12 E 
AFLP 
B6 


29 
A12/P12 F 
AFLP 
B6 


30 
A12/P12 G 
AFLP 
B1 


31 
A12/P12 H 
AFLP 
B1 


32 
A12/P11 A 
AFLP 
B4 
20 
141 
33 
A12/P11 B 
AFLP 
B1 


34 
A12/P11 C 
AFLP 
B4 

143 
35 
A12/P11 D 
AFLP 
B11 

144 
36 
A12/P11 E 
AFLP 
B6 
35 
145 
37 
A12/P11 F 
AFLP 
B6 
37 
146 
38 
A12/P11 G 
AFLP 
B6 


39 
A12/P11 H 
AFLP 
B7 
47 

40 
A12/P11 I 
AFLP 
B10 

149 
41 
A12/P11 J 
AFLP 
B10 

150 
42 
A12/P7 A 
AFLP 
B2 


43 
A12/P7 B 
AFLP 
B2 
9 

44 
A12/P7 C 
AFLP 
B2 


45 
A12/P7 D 
AFLP 
B1 


46 
A12/P7 E 
AFLP 
B8 


47 
A12/P7 F 
AFLP 
B11 


48 
A12/P8 A 
AFLP 
B3 


49 
A12/P8 B 
AFLP 
B2 
10 

50 
A12/P8 C 
AFLP 
B3 
16 

51 
A12/P8 D 
AFLP 
B7 


52 
A12/P8 E 
AFLP 
B1 


53 
A12/P8 F 
AFLP 
B4 
27 

54 
A12/P8 G 
AFLP 
B4 


55 
A12/P8 H 
AFLP 
B9 


56 
A12/P8 I 
AFLP 
B10 


57 
A12/P8 J 
AFLP 
B4 
26 

58 
A12/P8 K 
AFLP 
B4 


59 
A12/P8 L 
AFLP 
B4 


60 
A12/P8 M 
AFLP 
B9 
63 

61 
A12/P8 N 
AFLP 
B4 


62 
A12/P8 O 
AFLP 
B8 


63 
A12/P8 P 
AFLP 
B2 


64 
A12/P8 Q 
AFLP 
B4 


65 
A12/P10 A 
AFLP 
B2 
12 

66 
A12/P10 B 
AFLP 
B7 
41 

67 
A12/P10 C 
AFLP 
B7 
51 

68 
A12/P9 A 
AFLP 
B8 


69 
A12/P9 B 
AFLP 
B8 

64 
70 
A12/P9 C 
AFLP 
B8 


71 
A12/P9 D 
AFLP 
B4 
22 

72 
A12/P9 E 
AFLP 
B6 
36 
67 
73 
A12/P9 F 
AFLP 
B4 
24 

74 
A12/P9 G 
AFLP 
B5 
29 

75 
A12/P9 H 
AFLP 
B8 


76 
A12/P9 I 
AFLP 
B1 


77 
A12/P9 J 
AFLP 
B8 


78 
A12/P9 K 
AFLP 
B6 

70 
79 
A12/P9 L 
AFLP 
B1 


80 
A12/P9 M 
AFLP 
B2 
11 

81 
A12/P9 N 
AFLP 
B5 


82 
A12/P9 O 
AFLP 
B2 

72 
83 
A12/P9 P 
AFLP 
B9 


84 
A12/P9 Q 
AFLP 
U 


85 
A12/P9 R 
AFLP 
B11 
5 

86 
A12/P9 S 
AFLP 
C 
73 

87 
A5/P9 A 
AFLP 
B8 


88 
A5/P9 B 
AFLP 
B 
70 

89 
A5/P9 C 
AFLP 
B9 


90 
A5/P9 D 
AFLP 
B1 


91 
A5/P9 E 
AFLP 
B 
72 

92 
A5/P9 F 
AFLP 
B1 

50 
93 
A5/P9 H 
AFLP 
B6 


94 
A5/P9 I 
AFLP 
B5 

51 
95 
A5/P9 J 
AFLP 
B8 

53 
96 
A5/P9 K 
AFLP 
B4 

54 
97 
A5/P9 L 
AFLP 
B2 


98 
A5/P9 M 
AFLP 
B7 
45 
56 
99 
A5/P9 N 
AFLP 
B4 

57 
100 
A5/P9 O 
AFLP 
B8 


101 
A5/P9 P 
AFLP 
B8 


102 
A5/P9 Q 
AFLP 
B3 

58 
103 
A5/P9 R 
AFLP 
B3 
19 

104 
A5/P9 S 
AFLP 
B1 


105 
A5/P9 T 
AFLP 
B7 
44 

106 
A5/P9 U 
AFLP 
B7 
46 

107 
A5/P9 V 
AFLP 
B8 
57 

108 
A5/P9 W 
AFLP 
B6 
34 

109 
A5/P9 X 
AFLP 
B6 


110 
A5/P6 A 
AFLP 
B5 
30 

111 
A5/P4 A 
AFLP 
B8 


112 
A5/P4 B 
AFLP 
U 


113 
A5/P4 C 
AFLP 
B4 

32 
114 
A5/P4 D 
AFLP 
B6 
33 

115 
A5/P4 E 
AFLP 
B10 

35 
116 
A5/P4 F 
AFLP 
B5 
31 

117 
A5/P4 G 
AFLP 
B6 

36 
118 
A5/P4 H 
AFLP 
B5 

39 
119 
A5/P4 I 
AFLP 
B2 


120 
A5/P4 J 
AFLP 
B1 

40 
121 
A5/P4 K 
AFLP 
B1 


122 
A5/P4 L 
AFLP 
B7 

42 
123 
A5/P4 M 
AFLP 
B2 


124 
A5/P4 N 
AFLP 
B8 
56 
43 
125 
A5/P4 O 
AFLP 
U 


126 
A5/P4 P 
AFLP 
B7 


127 
A5/P4 Q 
AFLP 
B8 


128 
A5/P4 R 
AFLP 
B10 
68 

129 
A5/P4 S 
AFLP 
U 


130 
A5/P3 A 
AFLP 
B9 
61 

131 
A5/P3 B 
AFLP 
B1 


132 
A5/P3 C 
AFLP 
B2 


133 
A5/P3 D 
AFLP 
B2 


134 
A5/P3 E 
AFLP 
B4 


135 
A5/P3 F 
AFLP 
B10 


136 
A5/P3 G 
AFLP 
B8 


137 
A5/P3 H 
AFLP 
B4 


138 
A5/P3 I 
AFLP 
B8 


139 
A5/P3 J 
AFLP 
B1 


140 
A5/P3 K 
AFLP 
B2 


141 
A5/P3 L 
AFLP 
B2 
8 

142 
A5/P3 N 
AFLP 
B4 


143 
A5/P3 O 
AFLP 
B4 


144 
A5/P3 P 
AFLP 
B2 


145 
A5/P3 Q 
AFLP 
B 
71 

146 
A5/P3 R 
AFLP 
B11 


147 
A5/P3 S 
AFLP 
B4 


148 
A5/P11 A 
AFLP 
B9 
64 

149 
A5/P11 B 
AFLP 
B7 
48 

150 
A5/P11 C 
AFLP 
B4 


151 
A5/P11 D 
AFLP 
C 


152 
A5/P11 E 
AFLP 
B8 


153 
A5/P11 F 
AFLP 
C 


154 
A5/P11 G 
AFLP 
B7 

76 
155 
A5/P11 H 
AFLP 
B4 


156 
A5/P11 I 
AFLP 
B4 


157 
A5/P11 K 
AFLP 
B8 
55 

158 
A5/P11 L 
AFLP 
B8 

77 
159 
A5/P11 M 
AFLP 
C 


160 
A5/P11 N 
AFLP 
B8 


161 
A5/P11 O 
AFLP 
B7 
43 

162 
A5/P11 P 
AFLP 
B11 

79 
163 
A5/P11 Q 
AFLP 
B8 


164 
A5/P11 R 
AFLP 
B8 
58 

165 
A5/P11 S 
AFLP 
B10 


166 
A5/P11 T 
AFLP 
B11 


167 
A5/P11 U 
AFLP 
B3 


168 
A5/P11 V 
AFLP 
B4 


169 
A5/P11 W 
AFLP 
B6 


170 
A5/P2 A 
AFLP 
B4 

168 
171 
A5/P2 B 
AFLP 
B10 
69 

172 
A5/P2 C 
AFLP 
B8 

171 
173 
A5/P2 F 
AFLP 
B4 

172 
174 
A5/P2 G 
AFLP 
B5 


175 
A5/P2 H 
AFLP 
B3 

173 
176 
A5/P2 I 
AFLP 
B10 


177 
A5/P2 J 
AFLP 
B8 


178 
A5/P2 K 
AFLP 
B2 


179 
A5/P2 L 
AFLP 
B10 

174 
180 
A5/P2 M 
AFLP 
B4 


181 
A5/P2 N 
AFLP 
B6 


182 
A5/P2 O 
AFLP 
B3 


183 
A5/P2 P 
AFLP 
B5 
28 

184 
A5/P2 Q 
AFLP 
B3 


185 
A5/P2 R 
AFLP 
B6 
38 

186 
A5/P2 S 
AFLP 
B2 


187 
A5/P5 A 
AFLP 
B4 


188 
A5/P5 B 
AFLP 
B4 

175 
189 
A5/P5 C 
AFLP 
B7 
50 
176 
190 
A5/P5 D 
AFLP 
B11 
4 
178 
191 
A5/P5 E 
AFLP 
B7 
49 
181 
192 
A5/P5 F 
AFLP 
B2 


193 
A5/P5 H 
AFLP 
B3 


194 
A5/P5 I 
AFLP 
B7 


195 
A5/P5 J 
AFLP 
B7 

188 
196 
A5/P5 K 
AFLP 
B7 


197 
A5/P5 L 
AFLP 
B1 

189 
198 
A5/P5 M 
AFLP 
C 
74 

199 
A5/P5 N 
AFLP 
B1 

191 
200 
A5/P5 O 
AFLP 
B7 


201 
A5/P5 P 
AFLP 
B9 


202 
A5/P5 Q 
AFLP 
B9 


203 
A5/P5 R 
AFLP 
C 


204 
A5/P5 S 
AFLP 
B1 


205 
A5/P5 T 
AFLP 
B2 
14 

206 
A5/P5 U 
AFLP 
B3 


207 
A5/P12 B 
AFLP 
B4 

102 
208 
A5/P12 C 
AFLP 
B1 

103 
209 
A5/P12 D 
AFLP 
B8 


210 
A5/P12 E 
AFLP 
U 


211 
A5/P12 F 
AFLP 
B8 
59 

212 
A5/P12 G 
AFLP 
B4 
23 

213 
A5/P12 H 
AFLP 
B9 
62 

214 
A5/P12 I 
AFLP 
B9 

108 
215 
A5/P12 1 
AFLP 
U 


216 
A5/P12 K 
AFLP 
B4 


217 
A5/P12 L 
AFLP 
B11 


218 
A5/P12 M 
AFLP 
B8 


219 
A5/P12 N 
AFLP 
B1 
2 
110 
220 
A5/P12 P 
AFLP 
B2 


221 
A5/P12 Q 
AFLP 
B1 

113 
222 
A5/P12 R 
AFLP 
B3 

114 
223 
A5/P12 S 
AFLP 
B2 


224 
A5/P12 T 
AFLP 
B7 
52 

225 
A5/P12 U 
AFLP 
B1 
3 

226 
A5/P12 V 
AFLP 
B3 


227 
A5/P1 A 
AFLP 
B7 


228 
A5/P1 B 
AFLP 
B3 
18 

229 
A5/P1 C 
AFLP 
B2 


230 
A5/P1 D 
AFLP 
B9 


231 
A5/P1 E 
AFLP 
B4 

88 
232 
A5/P1 F 
AFLP 
B1 


233 
A5/P1 G 
AFLP 
B4 

89 
234 
A5/P1 H 
AFLP 
B10 


235 
A5/P1 I 
AFLP 
B7 


236 
A5/P1 J 
AFLP 
B7 


237 
A5/P1 K 
AFLP 
C 


238 
A5/P1 L 
AFLP 
B10 
65 
94 
239 
A5/P1 M 
AFLP 
B4 

97 
240 
A5/P1 O 
AFLP 
B11 


241 
A5/P1 P 
AFLP 
B7 


242 
A5/P1 Q 
AFLP 
B10 
66 

243 
A5/P1 R 
AFLP 
B9 
60 

244 
A5/P1 S 
AFLP 
B6 
39 

245 
A5/P1 T 
AFLP 
B6 


Notes: Linkage groups B1  B10 refer to Freyre et al. (1998), B and C linkage groups are not related to previously described groups, U designates unassigned markers.